หลังจากที่ทำลายฮอร์ครักซ์ลงได้ชิ้นหนึ่ง พวกเขาก็ได้ค้นพบกับความลับของเครื่องรางยมทูตทั้ง 3 ชิ้น แฮร์รี่ รอน และเฮอร์ไมโอนี่ยังคงเดินหน้าตามหาฮอร์ครักซ์ชิ้นที่เหลือต่อไป ในขณะเดียวกัน ลอร์ดโวลเดอมอร์ก็ได้รับไม้กายสิทธิ์เอลเดอร์มาไว้ในครอบครอง ลอร์ดโวลเดอมอร์ที่รู้ตัวแล้วว่าพวกแฮร์รี่กำลังออกตามหาฮอร์ครักซ์อยู่ ก็เริ่มเปิดฉากโจมตีฮอกวอตส์ ทำให้ทั้ง 3 คนต้องกลับมายืนหยัดเพื่อช่วยเหลือฮอกวอตส์ และเผชิญหน้ากับลอร์ดโวลเดอมอร์เป็นครั้งสุดท้ายในศึกตัดสินความเป็นไปของโลกพ่อมดแม่มด

หลังจากเหตุการณ์ไม่คาดฝันเมื่อปลายปีก่อน ก็ทำให้แฮร์รี่ รอน และเฮอร์ไมโอนี่ต้องทำภารกิจค้นหาฮอร์ครักซ์ของลอร์ดโวลเดอมอร์ และทำลายลงให้สิ้นซาก ทั้งที่ควรจะเป็นปีสุดท้ายของการเรียนที่ฮอกวอตส์ของทั้งสาม แต่เพราะการล่มสลายของกระทรวงเวทมนตร์ และการกลับมาของลอร์ดโวลเดอมอร์ ทำให้พวกเขาต้องเผชิญหน้ากับอุปสรรคที่ยากลำบาก และบททดสอบจิตใจและมิตรภาพของทั้งสามที่ต้องฝ่าฟันไปให้ได้

ปีที่ 6 ในการเรียนที่ฮอกวอตส์ของแฮร์รี่ พอตเตอร์ ลอร์ดโวลเดอมอร์และเหล่าผู้เสพความตายสร้างความหวาดหวั่นอย่างต่อเนื่องในโลกของพ่อมดแม่มด อัลบัส ดัมเบิลดอร์จึงพยายามเกลี้ยกล่อมให้เพื่อนเก่าของเขา “ฮอเรซ ซลักฮอร์น” กลับไปเป็นศาสตราจารย์ที่ฮอกวอตส์ในวิชาการปรุงยา แต่แท้จริงแล้ว อัลบัส ดัมเบิลดอร์ได้ร่วมมือกับแฮร์รี่ พอตเตอร์โดยมีแผนการลับในการพาตัวเขากลับมา ขณะเดียวกัน “เดรโก มัลฟอย” ก็กำลังพยายามดิ้นรนทำภารกิจที่ลอร์ดโวลเดอมอร์ได้มอบให้กับเขา

แฮร์รี่ พอตเตอร์ตกเป็นผู้ต้องหาในการกระทำความผิดโดยการเสกคาถาต่อหน้ามักเกิ้ล แต่ด้วยความช่วยเหลือของ อัลบัส ดัมเบิลดอร์ ทำให้เขาพ้นข้อกล่าวหามาได้ แต่เรื่องราวไม่จบลงง่าย ๆ เมื่อกระทรวงเวทมนตร์ได้ส่ง “โดโลเรส อัมบริดจ์” มาเป็นอาจารย์และผู้ตรวจการที่ฮอกวอตส์ ทำให้เธอมีอำนาจในการออกกฏและควบคุมนักเรียนได้อย่างเต็มที่ แฮร์รี่ซึ่งไม่ยอมจำนนต่ออำนาจนี้ก็ได้ตั้งกลุ่มลับขึ้นมาเพื่อฝึกใช้คาถาเตรียมพร้อมรับมือกับภัยจาก “คนที่คุณก็รู้ว่าใคร” แต่เมื่อโดโลเรส อัมบริดจ์รู้เข้าก็ไม่รอช้าและทำลายกลุ่มของแฮร์รี่ลง ทำให้อัลบัส ดัมเบิลดอร์ต้องตกอยู่ในสถานการณ์ย่ำแย่

ขึ้นสู่ปีที่ 4 ของการเรียนที่ฮอกวอตส์ ในปีนี้ฮอกวอตส์ได้เป็นเจ้าภาพในการจัดการประลองเวทไตรภาคี โรงเรียนยุโรปสามแห่งเข้าร่วมการแข่งขันในครั้งนี้ โดยมี “แชมป์เปี้ยน” 3 คน เป็นตัวแทนในการทำภารกิจเสี่ยงตาย โดยถ้วยอัคนีได้เลือก “เฟลอร์ เดอลากูร์” “วิคเตอร์ ครัม” และ “เซดริก ดิกกอรี่” เป็นแชมป์เปี้ยน แต่ทว่าแชมป์เปี้ยนที่ควรมีเพียงแค่ 3 คน กลับมีรายชื่อของ “แฮร์รี่ พอตเตอร์” โผล่มาอย่างปริศนา ทำให้แฮร์รี่ต้องเข้าร่วมการประลองอย่างหลีกเลี่ยงไม่ได้ การประลองอันน่าตะลึงและภัยอันตรายกำลังรอเขาอยู่

แฮร์รี่และเพื่อน ๆ เปิดเทอมใหม่เข้าสู่ปีที่ 3 ของการเรียนที่ฮอกวอตส์ ในปีนี้ศาสตราจารย์ลูปินรับหน้าที่สอนวิชาป้องกันตัวจากศาสตร์มืด ในขณะที่ “ซิเรียส แบล็ก” ฆาตกรที่ถูกตัดสินว่ามีความผิดได้หลบหนีออกจากคุกอัซคาบัน กระทรวงเวทมนตร์จึงกำชับให้เหล่าผู้คุมวิญญาณช่วยปกป้องฮอกวอตส์จากฆาตกรคนนี้ แต่ทว่าแฮร์รี่และนักโทษหลบหนีคนนี้ กลับมีความสัมพันธ์ปริศนาที่เกี่ยวข้องกับอดีตของเขา

เริ่มต้นปีที่ 2 ของการเรียนที่โรงเรียนคาถาพ่อมดแม่มดและเวทมนตร์ศาสตร์ฮอกวอตส์ของแฮร์รี่ รอน และเฮอร์ไมโอนี่ แต่การกลับมาเรียนในครั้งนี้มีบางอย่างผิดปกติเกิดขึ้น เมื่อมีการลือกันว่าห้องแห่งความลับได้ถูกเปิดออกแล้ว เหล่านักเรียนต่างแตกตื่น อีกทั้งแฮร์รี่ พอตเตอร์เองก็ถูกสงสัยว่าเป็นผู้อยู่เบื้องหลังเหตุการณ์ร้าย ๆ ทั้งหมด เพราะเขาสามารถพูดภาษาพาร์เซลได้ ซึ่งเป็นเรื่องที่ไม่ควรเป็นไปได้ และเฮอร์ไมโอนี่ เพื่อนรักของเขาก็ถูกสาปให้กลายเป็นหิน ทำให้แฮร์รี่และรอนต้องหาทางไขปริศนาและช่วยเหลือเธอให้ได้

เรื่องราวเกิดขึ้นในปี 1980 เมื่อแฮร์รี่ พอตเตอร์ได้ถือกำเนิด เขาเป็นเด็กกำพร้าที่ถูกลุงกับป้าผู้เป็นมักเกิ้ล (ผู้ไม่มีเวทมนตร์) เลี้ยงดูขึ้นมา เมื่อครั้นแฮร์รี่ พอตเตอร์อายุได้ 11 ปี “รูเบอัส แฮกริด” บุรุษร่างยักษ์ก็ปรากฏตัวที่บ้านของแฮร์รี่ และบอกกับแฮร์รี่ว่าแท้จริงแล้วแฮร์รี่นั้นเป็นพ่อมด และพ่อแม่ของเขาก็ถูกฆาตกรรมโดยพ่อมดผู้ชั่วร้ายซึ่งมีชื่อว่า “ลอร์ดโวลเดอมอร์” และแฮร์รี่เองก็เกือบจะถูกฆ่าด้วยเหมือนกัน แต่คำสาปที่ร่ายใส่แฮร์รี่กลับถูกสะท้อนกลับ ทำให้ลอร์ดโวลเดอร์มอร์อ่อนแอลง แฮร์รี่ได้เข้าเรียนที่โรงเรียนคาถาพ่อมดแม่มดและเวทมนตร์ศาสตร์ฮอกวอตส์ ได้เรียนรู้เกี่ยวกับเวทมนตร์ และได้รู้จักกับเพื่อนใหม่อย่าง “รอน วีสลีย์” และ “เฮอร์ไมโอนี่ เกรนเจอร์” แต่ทว่าพวกเขาทั้ง 3 มักจะเข้าไปยุ่งพัวพันกับปริศนาลึกลับภายในโรงเรียน